Который научил (людей) (письму) пером [письменной тростью],

который научил каламом,

Он научил посредством письменной трости -

Он - Тот, который научил человека писать с помощью калама (пера), а он до этого не знал письма.

который научил [человека письму] посредством калама,

Он - Тот, Кто (человеку дал) перо и научил письму,

Который дал познания о письменной трости,